מבין לימודי הנדסאים, התארים הנדסאי תוכנה והנדסאי מחשבים הם המבוקשים ביותר. ביה"ס להנדסאים של המכללה למנהל מקיים לימודים לתואר הנדסאי תוכנה.
לימודי הנדסת תוכנה לתואר הנדסאי שואפים להכשיר אנשי מחשבים מומחים לתוכנה שיהוו כוח אדם מיומן, מקצועי ומעודכן, שקיבל הכשרה התואמת לצורכי המשק ולביקוש בתעשיה. לשם כך, מכשירים לימודי הנדסאי תוכנה במכללה למנהל את הסטודנטים לעיסוק בהנדסת תוכנה ומספקים להם תוכנית לימודים רב תחומית, עדכנית ויישומית שתאפשר להם להשתלב בתעשיה עם סיום הלימודים ולהיות שותפים בפיתוח התעשייה המדעית המתוחכמת.
תוכנית הלימודים במסגרת לימודים לתואר הנדסאי תוכנה היא רב תחומית ורחבת היקף - כוללת מגוון רב של קורסים ונושאי לימוד, ביניהם: אלגברה לינארית, אנגלית טכנית, סטטיסטיקה, אלגברה בוליאנית, מערכות ספרתיות, תגבור מתמטי לוגי, אלקטרוניקה, שפת תכנות, הכרת סביבת חלונות, ארגון קבצים ובסיס נתונים, מבנה נתונים, שפת C, תחזוקת PC, מסדי נתונים, תקשורת ורשתות, מערכות הפעלת UNIX, ניתוח מערכות מידע, יישומים וחבילות תוכנה, ארכיטקטורת רשת, שפת אסמבלר ועוד. לבוגרי הלימודים יוענק תואר הנדסאי תוכנה מטעם משרד המסחר והתעשייה, מה"ט והמכללה למנהל.