לימודי תואר שני בניהול טכנולוגיה מיועדים לבוגרי תואר ראשון בניהול טכנולוגיה, הנדסה, כלכלה ומדעים, ומקנה להם כלים מדעיים ויישומיים אשר יאפשרו להם להתפתח בתחום הן הפן האקדמי והן בפן המעשי. תוכנית הלימודים לתואר שני בניהול טכנולוגיה מתמקדת במתודולוגיות ניהול מתקדמות, מאפייני הניהול של מערכות טכנולוגיות חדשניות, ניהול פיננסי וכלכלי של מערכות טכנולוגיות וטכנולוגיות חדשניות בתחומים ספציפיים.

הלימודים במסלול נפרשים על פני 5-6 סמסטרים, כולל סמסטר קיץ, כאשר בסיומם יגיש הסטודנט עבודת גמר מקיפה, המבוססת על הכלים והידע שרכש במהלך התואר. התוכנית מתאימה במיוחד לבוגרי תואר ראשון בניהול טכנולוגיה והנדסת תעשייה וניהול, וכן לבוגרי תואר ראשון בתחומי הנדסה אחרים, כלכלה ומדעים, בכפוף לביצוע השלמות מתאימות.

המכון הטכנולוגי חולון ובתוכו המחלקה לניהול טכנולוגי מקיימים קשרים ענפים עם תעשיית ההייטק בארץ, ועל כן הפן המעשי בלימודים מחוזק במיוחד. רבים מחברי הסגל במחלקה משלב בין עבודה אקדמית עם קשר לתעשייה, ותוכנית הלימודים מותאמת במיוחד למנהלים עובדים. בוגר המסלול יזכה לתואר מוסמך M.Sс בניהול טכנולוגיה.