המכללה האקדמית להנדסה ירושלים הינה המוסד היחיד מכלל מוסדות הלימוד האקדמיים בישראל, המעניק תואר ראשון .B.Sc בהנדסה פרמצבטית - מהנדס תרופות. מהנדס תרופות עוסק בפיתוח ובייצור של תרופות ונשאי תרופות מתוחכמים. העלייה החדה בדרישה למהנדסי תרופות במשק, והעובדה כי תחום זה לא נלמד מעולם בישראל, הביאה לפתיחת מסלול לימודים יוקרתי ובלעדי של המכללה האקדמית להנדסה ירושלים, המתקיים בשיתוף חברת "טבע".

בכדי להגיע להכשרה מתקדמת ולזכות בתואר היוקרתי - מהנדס תרופות, כוללת תוכנית הלימודים בשנתיים הראשונות מדעי יסוד כגון כימיה, ביו- כימיה, פיסיקה, תרמודינאמיקה, פרמקולוגיה, פרמקוקינטיקה ומדעי ההנדסה. בשנתיים האחרונות יתמקדו הלימודים במקצועות ההנדסה הפרמצבטית. פרויקט הגמר (פרויקט המהנדס) נערך בשיתוף הדוק עם התעשייה הביו- רפואית, ועם תעשיית התרופות וחומרי המוצא לתרופות בפרט. הפרויקט מתקיים בהנחיית מרצים מהמכללה ומהנדסים בכירים מהתעשיות המובילות בתחום, חוקרים או חברי סגל בכיר מהאוניברסיטה העברית.

התואר המוענק לבוגרי המסלול הינו תואר המוכר על ידי המועצה להשכלה גבוהה, ובוגרי המסלול עתידים להשתלב בתעשיית התרופות המתקדמות, בחברות כגון "טבע", "דקסון", "סיגמה", "רפא" או להמשיך לתארים מתקדמים בישראל ובעולם.