לימודי ספרות סת"ם במכון אליה מיועדים לבחורים נשואים בלבד, והם מקנים למשתתפים ידע הלכתי רב, מומחיות ומיומנות בשיטות כתיבת סת"ם. במהלך הלימודים ילמדו המשתתפים אודות שיטות להכנת קולמוסים, יתקיימו אימוני כתיבה וכן הרצאות של גדולי הרבנים בתחום, שיעניקו ללומדים יכולות כתיבה תמה וייחודית.

תוכנית הלימודים במסגרת לימודי ספרות סת"ם עוסקת בשני מקצועות לימוד עיקריים: לימוד הלכות סת"ם ולימוד הלכות צורת האותיות. הלימודים במכון אליה כוללים תכנים עיוניים לצד מבחנים שונים, כדוגמת: מבחן בכל מספר סימנים, מבחן גמר הלכות סת"ם, מבחן על-ידי רבנים מומחים ומבחן מעשי בכתיבת סת"ם. כמו כן, בסיום הקורס נדרשים הלומדים להגיש עבודת גמר בנושא, ותלמידים מצטיינים ישולבו בעבודה במכון אליה עם תום הלימודים.

קורס ספרות סת"ם במכון אליה נפרס על פני 4 חודשים, במתכונת של מפגש אחד בשבוע, בימי רביעי, בשעות 17:00-20:30. עם סיום הלימודים ועמידה בדרישות התוכנית תוענק לבוגרים תעודה ממכון אליה באישור הרבנים.