תואר שני במנהל עסקים נחשב לתואר יוקרתי ומבוקש שמהוה קרש קפיצה לקריירה של בעלי מקצוע מתחומים מגוונים ושונים. לימודי התואר השני במנהל עסקים של מכללת נתניה הם לימודים איכותיים השואפים להקנות השכלה מתקדמת במינהל עסקים במסגרת התמחויות מוגדרות. הלימודים יתקיימו בארבע מגמות: מימון (הכשרת הסטודנטים לתפקידי ניהול פיננסי בחברות או לעבודה בענפי המגזר הבנקאי והפיננסי בישראל), שיווק (הכשרת הסטודנטים לתפקידים מגוונים בתחום השיווק בחברות), ניהול רב תחומי (מעניק לבוגרים ידע במגוון רחב של נושאים אשר מספקים ראיה רוחבית של תחום מינהל העסקים ומאפשרת גמישות ניכרת בבחירת תפקידים ניהוליים בחברות וארגונים) וניהול מערכות מידע וטכנולוגיה (מכשיר את הסטודנטים לנהל ולעבוד עם מערכות טכנולוגיות מתקדמות, ובמיוחד מערכות מידע, המהוות מרכיב מרכזי בכל ארגון עסקי בעולם ובמדינה, כגון במשרדי ממשלה, בבנקים, בחברות ביטוח, באוניברסיטאות, במפעלי תעשיה ועוד).

לימודי תואר שני במנהל עסקים של מכללת נתניה הם ברמה אקדמית גבוהה ביותר הודות לסגל האקדמי הכולל מרצים ואנשי מקצוע בעלי מוניטין בינלאומי. במסגרת לימודיהם לתואר יעמיקו הסטודנטים את הידע וההבנה שלהם בתחומי הניהול השונים, וירכשו כלים ומיומנויות שיאפשרו להם למלא תפקידים מקצועיים וניהוליים בארגונים ולהתמודד עם מטלות ניהול שונות. במסגרת הלימודים ירכשו הסטודנטים ידע עיוני ויישומי בתחומים מרכזיים של מנהל עסקים תוך פיתוח מיומנויות חשובות, כגון יכולת ניתוח ותכנון מערכות ופרוייקטים, יכולת קבלת החלטות ופתרון בעיות, שיטות מחקר וטכניקות אבחון תופעות ניהוליות.