מכון שכטר למדעי היהדות מציע לימודים במסגרת תואר שני ביהדות עם התמחות בחינוך יהודי.
לימודי תואר שני ביהדות עם התמחות בחינוך היהודי במכון שכטר עוסקים בהתמודדות עם האתגר של החינוך היהודי במדינה יהודית ודמוקרטית, המעסיקה את העם היהודי למעלה ממאה שנה. במהלך הלימודים יכירו הלומדים סוגיות מרכזיות בהתמודדות, כדוגמת: זהות יהודית-ישראלית, חינוך לערכים, חזון בחינוך היהודי, תוכניות לימודים ואידיאולוגיות, מגדר בחינוך היהודי, תולדות החינוך היהודי, פילוסופיה של החינוך ועוד.
בין הקורסים השונים הנלמדים במכון שכטר במסלול לימודי תואר שני ביהדות עם התמחות בחינוך יהודי ניתן למצוא קורסים שונים, וביניהם: קורס מן החדר לבית הספר, קורס המקרא כמשאב חינוכי, קורס מגדר, חינוך וחינוך יהודי, קורס חדירת החינוך המודרני לקהילות הלבנט וצפון אפריקה, קורס המורה והתלמיד בספרות חז"ל ועוד.
בין הנושאים הנכללים בקורסים: דמות החינוך ותפקידו בחברה היהודית המסורתית באירופה, רעיונות ופעילות המשכילים להתחדשות החינוך היהודי, דרכי ההתמודדות של המחנכים היהודים עם אתגרי המודרנה והאמנציפציה, בית הספר הקהילתי המודרני, הישיבה ובית המדרש לרבנים, השפעת החידושים באירופה על החינוך היהודי בארצות המזרח התיכון, גישות להוראת המקרא בתנועה הציונית ובחברה הישראלית, הוראת המקרא ככלי חינוכי להנחלת ערכים, תפיסות חינוכיות ביחס למקרא, האתגרים שמציב הפמיניזם לחינוך בכלל ולחינוך היהודי, מקום הנשים במפעל לימוד התורה, מודלים לחינוך פמיניסטי במערכת החינוך בישראל, תהליכי חדירת החינוך המודרני לקהילות המזרח התיכון, מתי ואיך רכשו תלמידים את ידיעותיהם בתורה בתקופת חז"ל?, האם לימוד התורה היה נחלת הכל?, יחסי מורה-תלמיד בתקופת חז"ל, קריאה בהלכה ובאגדה ועוד.