מכון שכטר למדעי היהדות מציע לימודים במסגרת תואר שני ביהדות עם התמחות בלימודי ארץ ישראל: תרבות ומרחב.
לימודי תואר שני עם התמחות בלימודי ארץ ישראל במכון שכטר נועדו להעמיק את ידיעות המעוניינים בלימוד היצירה התרבותית, הרב-לאומית והרב-גונית שבמרכזה ארץ ישראל. הלימודים מיועדים לכל העוסקים בלימודי ארץ ישראל, תולדותיה ותרבויותיה, וכן לבעלי תואר ראשון באחד התחומים הקשורים בלימודי ארץ ישראל, כדוגמת: גיאוגרפיה, היסטוריה, ארכיאולוגיה, לימודי ארץ ישראל, מקרא וכו'.
לימודים במסלול תואר שני ביהדות עם התמחות בלימודי ארץ ישראל נותנים דגש למחקר הגיאוגרפי-היסטורי של ארץ ישראל לתקופותיה, ומתעמקים במתודה המחקרית תוך התייחסות לתקופות, איזורים או נושאים נבחרים. כמו כן, מתמקדים הלימודים בשילוב עם מדעי היהדות, ביחס לארץ ישראל במחשבת המקרא, ביחס לארץ ישראל בסידור התפילה, בארץ ישראל בהגות הדתית של שלוש הדתות, ברעיון הציוני וביחס בין מדינת ישראל ויהדות התפוצות. דגש נוסף ניתן על ירושלים כנושא לימוד ייחודי, המשלב לימודים פורמאליים על ירושלים לתקופותיה על סיורים בשטח.
תוכנית הלימודים במסלול תואר שני ביהדות עם התמחות בלימודי ארץ ישראל במכון שכטר למדעי היהדות כוללת קורסים שונים, העוסקים במקורות טקסטואליים קלאסיים ומודרניים, יהודים ולא-יהודים. בין הקורסים הנכללים במסלול הלימודים: גיאוגרפיה היסטורית - ירושלים לתקופותיה, צפת והגליל בראשית העת החדשה, מקדם ומים: יחסים בין-עדתיים בחברה היהודית בארץ ישראל, ארץ קדושה ומקומות קדושים בה הרבה, בין בבל לארץ-ישראל במדרש ואגדה ועוד. הקורסים עוסקים בנושאים הבאים: שאלות מחקריות בחתכים שונים של חקר ארץ ישראל לתקופותיה, הגדרת והדגמת הדיסציפלינה על העיר ירושלים לתקופותיה, ניתוח הרקע והגורמים הגיאוגרפיים-היסטוריים והתרבותיים שתרמו לכך והשוואה בין עכו-צפת ליפו-ירושלים, שימוש במתודות מתחום הגיאוגרפיה, ההיסטוריה וחקר התרבות, ניתוח טקסטואלי של מקורות יהודיים, יחסים בין העדות בחברה היהודית בישראל במאות ה- 19 וה- 20, המתחים הבין עדתיים, הערוצים המשותפים להם ואופני פעולתם, הבחנה בין דימוי למציאות, תולדות העלייה לרגל אל הארץ בתקופות השונות, הקשר בין עליה לרגל לבין פיתוח הארץ, האפיונים הספרותיים של כל מרכז, פיתוח כלים להתמודדות עם טקסט תלמודי באופן ביקורתי, שיעורים בשטח ועוד.