מכון שכטר למדעי היהדות מציע לימודים במסגרת תואר שני ביהדות עם התמחות במחשבת ישראל.
לימודי תואר שני במכון שכטר עם התמחות במחשבת ישראל נועדו לפתח בקרב הסטודנטים אוריינטציה ביצירות המופת של המחשבה היהודית לדורותיה. תואר שני במחשבת ישראל מקנה ללומדים כלים ומיומנויות לניתוח מקורות המחשבה היהודית, ומשפר את יכולת התלמידים לדון בבעיות דתיות, קיומיות ותרבותיות, המעסיקות את המחשבה היהודית בימינו. תוכנית הלימודים מתמקדת בזיקה הקיימת לאורך כל התקופות בין מחשבת ישראל לבין מחשבת העמים, ובין הרעיונות ודפוסי החשיבה, המאפיינים את המחשבה היהודית בזמן מסויים, לבין המציאות ההיסטורית באותה תקופה.
במסגרת לימודי תואר שני ביהדות עם התמחות במחשבת ישראל במכון שכטר יילמדו קורסים שונים, כדוגמת: אמונה אחרי השואה, תורת משה בן עמרם - תורת משה בן מימון, תורת היופי בהגות היהודית המודרנית, יהודי, עברי, כנעני או ישראלי?, זרמים ביהדות המודרנית ועוד. קורס אמונה אחרי השואה עוסק בהיבטי המחשבה היהודית אודות השואה, הקשורים באמונה באלוהים ובאמונה באדם. במהלך הקורס ידונו הסטודנטים בשאלות שונות, כגון: האומנם יש להתחייחס אל הרוע שנתגלה בשואר כשונה ממה שהכרנו לפני השואה? ואם כן, מה השלכותיו של גילוי זה של "רוע מוחלט" על האמונה הדתית בטובו של האל או על האמונה ההומניסטית של המורדנה בתבונה האנושית וביכולת האדם לשאת באחריות מוסרית כלפי ההיסטוריה? כמו כן, יעיינו הלומדים ביצירותה הספרותיות והפילוסופיות של פרימו לוי, ריצ'רד רובנשטיין, אליעזר ברקוביץ', אמיל פאקנהיים ועוד. קורס נוסף, הנכלל אף הוא בתוכנית הלימודים לתואר שני ביהדות במכון שכטר, נקרא תורת משה בן עמרם - תורת משה בן מימון, והוא מתמקד בפרשנות המקרא המהפכנית של הרמב"ם.
תכנים נוספים, הנלמדים במסגרת התמחות במחשבת ישראל: עמדתה הפילוסופית של היהדות בנוגע לאסתטיקה, מימד היופי באומנות הכתובה - ספרות, שירה והגות, משבר הזהות היהודית מראשית העת החדשה, התהוות ריבוי הזהויות היהודיות במדינת ישראל ובתפוצות, ההגירה היהודית, השואה, הקמת מדינת ישראל, הפוסט-ציונות, עיון בטקסטים נבחנים של הוגים בולטים, למשל: אחד העם, ברנר, חיים כהן, מ.מ. קפלן, א.ב. יהושע, אליעזר שביד ועוד. אתגרי המודרניזציה והחברה המודרנית, המינון הנכון בין מסורת וחידוש, ההתלבטות בין התערכות בחברה המערבית והתבדלות ממנה, בין היענות לרצונות הפרט וצרכי האומה והקהילה, היהדות - אומה או דת?, סמכות רבנית בעידן דמוקרטי, מהות ההתגלות האלוהית, סמכות ההלכה ועוד.
