מכון שכטר למדעי היהדות מציע לימודי תואר שני ביהדות בהתמחות במדרש ואגדה.
ספרות האגדה של חז"ל משקפת ערכי יסוד בעולם החכמים, ומביאה לדי ביטוי עולם רעיוני מפואר. מהות לימודי תואר שני ביהדות בהתמחות במדרש ואגדה היא במפגש שבין העולם הרעיוני לבין העיון המעמיק במקרא. הלימודים במסלול זה חושפים את הסטודנטים למגוון הצורות הספרותיות ודרכי הלימוד והעיון, הכלולים בספרות המדרש והאגדה של חז"ל, ומאפשרים להם לרכוש כלים לקריאה מעמיקה וביקורתית בספרות זו. במהלך לימודי תואר שני במכון שכטר למדעי היהדות יעסקו הלומדים בחיבורים שונים, בצורות ספרותיות מגוונות ובדרכי ניתוחן, וכן בבעיות שהעסיקו את החכמים במאות הראשונות לספירה.
לימודי תואר שני בהתמחות במדרש ואגדה כוללים מספר קורסים, וביניהם: קורס מדרשי האגדה, ספרות ופרשנות, המשמש מבוא לספרות האגדה של חז"ל, באמצעות עיון בז'אנרים העיקריים שלה ובאופיים הספרותי. בקורס יינתן דגש לכלים לניתוח קטעי מדרש מהספרות הקלאסית של מדרשי האגדה, ויילמדו הדרכים בהן קראו ופרשו חז"ל סיפורים מקראיים מרכזיים. קורס נוסף בתוכנית הלימודים נקרא "בצאת ישראל ממצרים", ובו יעסקו התלמידים בתקופת השיעבוד, בחבלי הגאולה וביציאת מצרים ממבטם החינוכי של חז"ל.
בין התכנים הנוספים, הנלמדים במסגרת תוכנית הלימודים לתואר שני ביהדות עם התמחות במדרש ואגדה: הנשים המקראיות בספרות חז"ל, התפקידים הציבוריים והחברתיים של נשות המקרא, תפקידיה של האישה כרעיה וכאם, דומיננטיות נשית, גישות פמיניסטיות של נשים להבנת הספרות המדרשית, קריאה פמיניסטית של טקסט יהודי, שיטות לקריאת המדרש, ניתוח הגדת פסח, היסטוריית ההגדה, הלכה ומנהג ועוד.