מכון שכטר למדעי יהדות מציע לימודים במסגרת תואר שני ביהדות בהתמחות בתלמוד והלכה.
אחת היצירות המרכזיות של העם היהודי היא ספרות התלמוד וההלכה. ספרות זו נתנה את אותותיה על החיים היהודיים בכל הזמנים. לימודי תואר שני ביהדות עם התמחות בתלמוד והלכה נועדו להקנות לסטודנטים כלים, שיאפשרו להם לעיין בספרות התלמוד וההלכה בצורה מעמיקה וביקורתית. הלימודים מתחילים במבואות לתרגילים בתלמוד, בספרות הפוסקים ובספרות התשובות, ומתקדמים אל עבר סמינרים בסוגיות אקטואליות, כדוגמת: החינוך הספרות הרבנית, מעמד האישה בהלכה, רפואה והלכה ועוד.
בין הקורסים הנלמדים בלימודי תואר שני ביהדות עם התמחות בתלמוד והלכה במכון למדעי היהדות, שכטר: תלמוד למתקדמים, תלמוד בקיאות, סוגיות במגדר והלכה: מצוות עשה, שו"ת כמקור היסטורי - מזרח ומערב, מנהגי הנישואין והשתקפותם באמנות יהודית ועוד. קורס תלמוד למתקדמים עוסק ב- 12 סוגיות בהלכות לולב, עם דגש על ניתוח מחקרי ומדעי של הסוגיה התלמודית. קורס סוגיות במגדר והלכה: מצוות עשה מעמיד במבחן את המקורות ההלכתיים, העוסקים במעמד הגבר והאישה בקיום מצוות עשה. במהלך הלימוד בקורס זה יעסקו הסטודנטים בניתוח המקורות התלמודיים וההלכתיים, הנוגעים לנושא, וידונו בהצעות לגישור על הפערים שבין ההלכה לבין ערכי השוויון בין המינים בימינו. קורס תלמוד בקיאות יעסוק ב- 14 דפים מהתלמוד הבבלי במגמה לפתח יכולת לימוד רהוט, קריאה מדויקת ודגש על דקדוק ארמי, סדר הדורות, ריאליה וספרות המחקר.
קורס שו"ת כמקור היסטורי - מזרח ומערב עוסק בספרות השאלות והתשובות (שו"ת), והוא אחד המקורות הפוריים ביותר ללימוד ההיסטוריה היהודית. קיימים אלפי כרכים מודפסים מכל תפוצות העם היהודי וכמעט מכל הדורות, ואלו מאפשרים לעמוד על ייחודן של התפוצות השונות ולתת בהן סימנים. הסטודנטים בקורס זה ינתחו שאלות שונות, תוך התמקדות במסקנות היסטוריות ותובנות, הקשורות בתהליך התפתחות הפסיקה ההלכתית, והתבוננות משווה בין ארצות האסלאם לארצות הנצרות. קורס נוסף, הנכלל בתוכנית הלימודים לתואר שני בתלמוד והלכה, הוא קורס מנהגי הנישואין והשתקפותם באמנות יהודית. במהלכו יעסקו הלומדים בקשר שבין מנהגי הנישואין למנהגי האבלות בעדות ישראל "תרתי דסתרי" בחיי האדם, ויבחנו את הקו המקשר בין ההלכות והמנהגים באבל ובשבעת ימי משתה של חתן וכלה. שיטת הלימוד בקורס זה היא לימוד השוואתי של טקסטים מהספרות הרבנית לדורותיה.