מכון שכטר למדעי היהדות מציע לימודי תואר שני ביהדות בהתמחות במקרא.
לימודים במסלול תואר שני בהתמחות במקרא נועדו לעודד בקרב הסטודנטים פיתוח גישה ביקורתית ומסורתית אל הטקסט, להביא את הלומדים להבין את הצורות השונות של הספרות המקראית, בהתאם להקשרה הספרותי וההיסטורי, וכן לבחון את תפקידי המקרא בלימודי היהדות ואת משמעותו כמשאב חינוכי. במהלך הלימודים יילמדו מגוון קורסים, וביניהם: קורסי חתך, קורסי נושא, תרגילי טקסט וקורסים בפרשנות המקרא. כל סטודנט, הבוחר להתמחות במקרא, נדרש ללמוד לפחות סמינריון מתקדם אחד במקרא במהלך הלימודים.
אחד הקורסים הנלמדים במסגרת תוכנית הלימודים במסלול תואר ראשון במקרא במכון שכטר הינו מחשבת המקרא. קורס זה מעמיד בבחינה את עולם האמונות, המשתקף בספרי המקרא, ומתמקד בסוגיות תיאולוגיות שונות, כדוגמת: יחס המקרא למיתוס ולמגיה, בעיית הרע בעולם, ייעודו של עם ישראל ועוד. קורס נוסף, הנכלל בתוכנית הלימודים, נקרא "מאדם עד אברהם: סיפורי בראשית על ייסוד האנושות", והוא עוסק בסיפורים המרכזיים בבראשית: בריאת העולם, גן עדן, קין והבל, בני האלוהים ובנות האדם, סיפור המבול וכו'.
קורס פרשנות המקרא לדורותיה א', אף הוא נלמד במסגרת תואר שני ביהדות בהתמחות במקרא, ובמסגרתו יעסקו הלומדים בפניה המשתנים של פרשנות המקרא לאורך ההיסטוריה הקדומה, ויתמקדו ביחסם של היוצרים-הפרשנים למקרא, מטרותיהם, רישום אתגרי הזמן ביצירה הפרשנית ועוד. קורסים נוספים הנלמדים בתואר שני במקרא: "ויפגע במקום" - המפגש בין אלוהים לאדם במקרא ו"המקרא על רקע שאר תרבויות המזרחי הקדום".
