מכון שכטר למדעי היהדות מציע לימודים במסגרת תואר שני ביהדות בהתמחות בתולדות עם ישראל.
לימודים במכון שכטר במסלול תולדות עם ישראל נועדו לערוך היכרות בין התלמידים לבין תולדות עם ישראל מתוך גישה ביקורתית. לימודי תואר שני ביהדות מביאים את הסטודנטים להבחין בין השיטות השונות של חקר וכתיבת ההיסטוריה ולעמוד על מאפייניהם.
הלימודים מציעים קורסים שונים, וביניהם: קורס תולדות קהילות ספרד וארצות האסלאם בימי הביניים, קורס "להמציא עם, לברוא מולדת": סודיות בתולדות החינוך הציוני (1880-1953), קורס חברה ותרבות בארץ ישראל הרומית לאור ספרות חז"ל, יחסי יהודים ונוצרים בימי הביניים ובעת החדשה המוקדמת, השואה במזרח אירופה ועוד.
בין התכנים הנלמדים בתוכנית הלימודים ללימודי תואר שני ביהדות עם התמחות בתולדות עם ישראל: התפתחות הקהילה היהודית בספרד מראשיתה ועד לגירושה בתקופות השלטון המוסלמי והנוצרי, תולדות הקהילות בארצות האסלאם, מעבר המרכז הרבני מבבל לספרד וצפון אפריקה, חיי האישה ומעמדה, הקהילה בתימן, יעדיהם של מגורשי ספרד, היווצרות התפוצה הספרדית, התפתחות מערכת החינוך הציונית בתקופת היישוב, יצירת הסתדרות המורים העבריים, הקשר בין תהליכים בתחום החינוך לתהליכים של יצירת החברה הישראלית בשנות העלייה הגדולה, מקורות מספרות חז"ל העוסקים בתרבות ההלניסטית והשפעתה וביחסי הגומלין בין קבוצות שונות באוכלוסיה היהודית, הקהילה היהודית על מוסדותיה השונים, מנהיגות בחברה היהודית, מעמדם של חכמים, החיים בעיר ובכפר, ממצאים ארכיאולוגיים ותרומתם לסוגיות אלו, המציאות הפוליטית, הדתית והחברתית של חיי היהודים בעולם הנוצרי, הדיאלוג והוויכוח בין יהודים לנוצרים, תולדות השואה במזרח אירופה, השלבים במדיניות הכיבוש, הדיכוי והרצח הנאצית, החיים בגטאות במזרח אירופה וכו'.