שלוש שנות ההכשרה במסלול טיס מתחלקות לחמישה שלבים:
שלב ראשון- "המכין": בשלב זה פרחי הטס לומדים ורוכשים את היכולות וידע שנדרשים על מנת להיות לוחמים בחזית האווירית. שלב זה כולל גם טירונות, טיסות ראשונות, תרגילים ומסעות מאתגרים, שבמהלכם החניכים יזכו לראות ולחוות לראשונה את אופי שירותו של לוחם אווירי. כמו כן, בשלב המכין פרחי הטיס מתחילים בלימודי התעופה שילוו אותם עד לסוף הכשרתם, בהם הם ילמדו נושאים כמו פיזיקה ומתמטיקה.
שלב שני- "בסיסי": בשלב השני פרחי הטיס עוברים קורס קצינים ייעודי למסלול טיס, קורב מילוט, וקורס צניחה. בשלב זה של המסלול על החניכים ללמוד מה תפקידו של קצין בחיל האוויר ולרכוש וליישם את כל היכולות התכונות שדורשות לכך. נוסף על כך, חניכי הקורס עוברים מספר קורסים אקדמיים שיעזרו להם בהמשך בלימודי התואר. בסוף שלב זה פרחי הטיס מקבלים כנפי צניחה וסיכות צוות אוויר (סיכת קצינים בחיל האוויר), והם משובצים בהתאם לביצועיהם עד כה במגמות הטיסה השונות.
שלב שלישי- "ראשוני": בשלב זה חניכי הקורס רוכשים מיומנויות טיסה בסיסיות להפעלה והטסה של מטוס. חלק זה ההכשרה כולל ברובו טיסות בשונה מהשלבים הקודמים שהתבצעו רובם על הקרקע. בשלב זה הלימודים האקדמיים יהיו משולבים יחד עם ההכשרה הצבאית.
שלב רביעי- "שנת השכלה": שלב זה בהכשרה מיועד כולו ללימודים האקדמיים לתואר הראשון. הלימודים מתרחשים בבית הספר לטיסה בחצרים והם מועברים על ידי מרצים מאוניברסיטת בן גוריון.
שלב חמישי- "מתקדם": בשלב האחרון בהכשרה פרחי הטיס רוכשים מיומנויות טיסה מתקדמות ויטיסו מטוסים וכלי טיס מבצעיים נוספים. בסוף שלב זה בחניכים יקבלו את כנפי הטיס ואת דרגות הסגן.
חשוב לציין כי במהלך שני השלבים הראשונים בקורס פרחי הטיס עוברים צ'קים (מבחנים ומבדקים) רבים שנועדו לבחון את כשירותם של החניכים להמשיך בקורס.