המרכז האוניברסיטאי אריאל בשומרון מציע לימודי תואר שני במורשת ישראל, אשר יחלו בשנת הלימודים תשע"א.
לימודי תואר שני במורשת ישראל מבוססים על המבנה החדש האינטרדיסציפלינרי המקובל כיום באוניברסיטאות. לימודים במסלול זה נועדו לפתח התמחויות שונות לתואר שני, ולפתוח לימודים רב-תחומיים במדעי הרוח - בכלל, ובמורשת ישראל - בפרט. תוכנית הלימודים עונה על הציפיות לתחומי לימודים בעלי ראיה הומניסטית רחבה מתוך גישה רב-תרבותית המשלבת היכרות עם ההיסטוריה והתרבות הישראלית.
תכנית הלימודים במסלול הינה תוכנית חדשה וייחודית המעניקה תואר שני במורשת ישראל, ובכך יתרונה. התוכנית הינה רב תחומית ומשלבת בין תחומים חדשים לתחומים הידועים לתואר שני המקובלים באוניברסיטאות. לימודי מורשת ישראל לתואר שני מתמקדים בתחומי מדעי הרוח והיהדות, והם מבוססים על האשכולות הבאים: מקרא, תלמוד ופילוסופיה יהודית, ספרות עברית ואומנויות יהודיות וארץ-ישראל, עם ישראל והציונות.
לימודי תואר שני במורשת ישראל מיועדים לבעלי תואר ראשון מכל התחומים המעוניינים בחידוש ורענון בלימודי התואר השני (במקרים מסוימים ייתכנו השלמות לימודים לתואר שני). תוכנית הלימודים מתקיימת ב- 2 מסלולי לימוד: לימודי עיון ומחקר עם תזה או לימודי עיון ומחקר ללא תזה. התזות תוכלנה להתמקד באחד מ- 4 האשכולות הנזכרים לעיל. לסטודנטים שיעמדו בקריטריונים יינתנו מלגות לימודים.